O protocolo terapêutico varia conforme a patologia tratada e a resposta individual. Para depressão unipolar, são recomendadas no mínimo 20 sessões. O cronograma pode incluir sessões diárias ou em dias alternados, com possibilidade de múltiplas aplicações diárias em protocolos modernos, sempre individualizado conforme avaliação médica.

A EMT é um procedimento ambulatorial com duração variável conforme o protocolo adotado, podendo durar até 30 minutos. Existem protocolos modernos que duram poucos minutos. O paciente permanece acordado durante toda a sessão, não requer sedação ou anestesia, e pode retornar às atividades normais imediatamente após cada sessão.

A EMT não é indicada em casos de clips metálicos intracranianos (dependendo do material), implante coclear ou epilepsia com crises recentes. Uma avaliação médica detalhada é sempre realizada antes do início do tratamento.

A EMT é eficaz no tratamento de depressão unipolar e bipolar, alucinações auditivas resistentes em esquizofrenia, fibromialgia, tinnitus, transtorno obsessivo-compulsivo, transtorno de estresse pós-traumático, recuperação motora pós-AVC e dor crônica.

A resposta terapêutica à EMT varia individualmente e conforme a patologia tratada. A neuromodulação promove mudanças neuroplásticas progressivas, com possível melhora gradual observada ao longo do protocolo. A eficácia terapêutica é melhor avaliada após completar o protocolo recomendado, conforme diretrizes científicas.